San Pedro se encuentra a los pies de la cordillera de los Andes, que en esta zona alcanza los 6100 m de altura. Frente a San Pedro y a tan solo 40 km de distancia, se encuentra el majestuoso y místico volcán Licancabur (5916 m). El nombre significa “cerro del pueblo” y fue venerado por los Incas quienes realizaban ceremonias y dejaban ofrendas en el cráter que se encuentra en su cumbre. El pueblo se encuentra en uno de los tantos oasis que deben su origen a las lluvias que produce el “invierno boliviano” en el desierto más árido del mundo, el de Atacama . Por otro lado, no se puede dejar de hacer referencia al cielo de San Pedro, ya que por la noche es un espectáculo por sí solo: la Vía Láctea cobra un blanco muy luminoso. Después del Valle del Elqui, éstos son los cielos más claros y nítidos del planeta .
A tan sólo 15 km se encuentra el misterioso Valle de la Luna.,un paisaje muy árido y seco parecido a un paisaje lunar.Tal como su nombre lo señala, la forma y colores de las rocas que allí se encuentran, dan al paisaje una apariencia lunar. Observar desde este lugar el atardecer, mirando cómo la luz hace variar la tonalidad de los volcanes que se observan a lo lejos, hasta el rojo intenso… convierte este espectáculo en una experiencia increíble y sobrecogedor.